Hola que tal buenas tardes.

Tengo una duda:

Una agencia aduanal que ofrece el servicio puerta a puerta, o sea en la cuenta de gastos cobra o más bien re-factura un servicio de flete (lo cobra en el rubro de ingresos, no en el de pagos por terceros): ¿es correcto que a su cuenta de gastos agregue el complemento de carta porte?

Esto debido a que se infiere que es un intermediario.

Es una S.A. y no tiene transporte tal cual, contrata a un transporte y el transporte emite la factura a la agencia.

Buena tarde Rodrigo: De la sección de preguntas frecuentes de la carta porte

3. Si contrato los servicios de transporte para trasladar bienes o mercancías y el CFDI que me expide la o el transportista no contiene el complemento Carta Porte, ¿puedo hacer deducible el servicio de transporte contratado?
A partir del 30 de septiembre de 2021, no podrán deducirse los servicios de transporte de bienes o mercancías con un CFDI de tipo ingreso sin complemento Carta Porte, por no cumplir con los requisitos de las deducciones fiscales.

Fundamento: Artículos 29 y 29-A de CFF, 27, 105 y 147 de LISR, reglas de 2.7.1.8. y 2.7.1.9. de la RMF vigente y Décimo Primer Transitorio de la 1ra. RMRMF 2021.

Si como tal la agencia esta refacturando un 'flete' el cliente final podría tener un inconveniente con la deducibilidad del servicio.