En el pago de fletes se cobra el iva y se retiene el 4% , pero en el caso de que lo que se transporte sea fruta , en este caso:

Aplica de todas maneras los mismo?

Conforme al art. 1 - A. fracción II, inciso c):

Están obligados a efectuar la retención del impuesto que se les traslade, los contribuyentes que sean personas morales que reciban servicios de autotransporte terrestre de bienes, prestados por personas físicas o morales.

Es decir; para que haya lugar a la retención, deben coexistir 4 elementos:

1.- El servicio prestado debe consistir en: autotransporte terrestre.
2.- El objeto del servicio deben ser: bienes
3.- El prestatario del servicio: debe ser persona moral
4.- El prestatario del servicio: puede ser persona fisica o moral.

Por lo que si tú prestas un servicio de autotransporte terrestre de bienes a una persona moral, ésta te DEBE retener el IVA, no importando si tú eres una persona fisica o moral.

El artículo en mención se refiere a BIENES, sin señalar, distinguir, listar, o liberar a algún tipo en especial, por ello, SIEMPRE QUE SE REALICE EL AUTOTRANSPORTE TERRESTRE DE BIENES, debera hacerse la retención en mención, independientemente del tipo de BIENES que se trasladen.

o en el caso de que esa fruta sea se exporte? en ese caso no causaria iva , ni retencion de iva dicho pago de flete?

Si la fruta se exporta o no, pasa al segundo plano, dado que el acto que tú estas realizando es el autotransporte terrestre de la fruta y NO la enajenación de la fruta.

Por ello, tratándose de exportaciones; el artículo 29 de la LIVA dispone que: 'Las empresas residentes en el país calcularán el impuesto aplicando la tasa del 0% al valor de la prestación de servicios, cuando se exporten'

Para efectos del IVA, se considera que se exportan los servicios, específicamente en transportación, cuando ésta se inicie en territorio nacional y se concluya en el extranjero'

(29 V LIVA y 60 RLIVA)

Por lo cual, si el autotransporte efectuado inicia en territorio nacional y termina en el extranjero, se considerará exportación de servicios y por tanto el servicio prestado quedará afecto a la tasa 0%, de no ser así, es decir que no termine en el extranjero, no se considerara exportación de servicios y por ende quedará sujeto a la tasa general de IVA y consecuentemente la retenció se llevará a cabo sobre el IVA cobrado.